Ban chỉ đạo có nhiệm vụ giúp Thủ tướng Chính phủ kịp thời chỉ đạo, phối hợp giải quyết các vấn đề phát sinh; đẩy nhanh tiến độ, đưa các dự án đường sắt trọng điểm quốc gia vào vận hành khai thác.